Seit Version 0.90 gibt es in paperless-ngx keine eingebaute Verschlüsselungsfunktion mehr. Das wurde damit begründet, dass diese Verschlüsselung zwar davor schützt, dass z. B. durch File-Carving wiederherzustellende Datenteile geschützt würden, jedoch die Verschlüsselung nicht vor Diebstahl des Mediums schütze, da die Verschlüsselungsschlüssel weiterhin lesbar vorlägen.