WireGuard funktioniert unter Windows wie unter Linux in der Regel sehr problemfrei. Möchte man jedoch Verbindungen für unprivilegierte Benutzer erlauben, so muss man einige Verrenkungen unternehmen.

Maßgeblich ist, dass die Installation mit einem Administrator-Konto erfolgt. Alternativ kann die Installation mit einem Benutzer-Konto erfolgen, allerdings muss WireGuard dann mindestens einmal mit einem Administrator-Konto gestartet werden, um seine Registry-Einträge anzulegen.